普通有机肥包括商品有机肥和农家肥两种。农家肥容易得到，但往往含有大量的病原菌和虫卵，生产中往往未经充分腐熟直接施入土壤，产生的大量的氨气和有机酸，会造成烧苗、土壤板结等问题，严重的甚至造成重金属超标。商业有机肥是以牲畜粪便、动植物残体为原料加工所生产下脚料为原料，经过发酵腐熟后制成的符合国家标准的有机肥料。但有的小厂家未进行合格的高温发酵，导致达不到标准，对农作物也有较大的伤害。
而生物有机肥是在精制有机肥的基础上又添加了特定功能微生物的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。大部分有机肥中含有微生物，但是未经过严格无害化处理，致使有机肥中含有大量病原菌。而生物有机肥中的微生物是经过人类筛选的、具有一定功能的微生物，且不同生物有机肥所选用的微生物菌种和菌株不同，其在土壤中的功效也具有极大的差别。
