我们现在都知道，我们国家大力提倡有机肥替代化肥，农田长期施用化肥，很容易给土地带来一定的化学伤害，土地板结，盐碱地等为题。长期施用化肥使土地透气性越来越差，土壤缺乏透气性会让植物根部形成沤根等现象，缺乏有机质的情况发生后也会对我们农产品的品质有很大的影响。
我们都知道有机肥主要的功效是含有大量的有机质和生物菌，能有效的疏松土壤，让植物根系更加容易生长。有机肥原料遍地都是，只是很多人不知道怎么利用，比如畜禽粪便（牛羊猪鸡）、植物废弃物（秸秆等）、城市各种垃圾等等。
养殖企业产生的畜禽粪便，这是上好的有机肥原料，这种原料经过发酵后可以直接施用到田地里，也可以经过一定的加工，添加一些辅助原料（秸秆、锯末等），更是可以添加生物菌制作高端的生物有机肥。鸡粪是一种比较优质的有机肥，其含纯氮、磷（P2O5）、钾（K2O）约为1.63%、1.54%、0.85%。鸡粪在施用前必须经过充分的腐熟，将存在鸡粪中的寄生虫及其卵，以及传染性的一些病菌通过在腐熟（沤制）的过程得到灭活。
由于鸡粪在腐熟的过程中产生高温，容易造成氮素损失。因此，在腐熟前要适量加水，以及加入5%的过磷酸钙，肥效会更好。腐熟的方法可将鸡粪投入粪池泡沤，也可以进行表面封土堆沤。鸡粪经充分腐熟后成为种植作物的优质基肥，或在种植果树中常作为冬季施下全年利用的基肥。
随着养牛业的快速发展，粪便污染已成为一大难题，据有关资料显示，在一些地方，牛粪对环境的污染已超过了工业污染的总量，有的甚至高达2倍以上。一头奶牛每年产生的粪便在7吨以上，一头黄牛产生的粪便在5～6吨之间。由于各地对牛粪的处理普遍重视不够，一些养牛比较集中的地方，基本上都没有牛粪处理设施。这样导致牛粪到处乱堆乱放，尤其在南方，每到夏季，臭气冲天，既对周边居民的正常生活造成不良影响，同时牛粪又是多种细菌病原体孳生繁殖的源头，对养殖群体有着严重的影响。另外，生牛粪上地，它产生热量，消耗土壤氧气，导致烧根烧苗，还对寄生虫的卵、病源微生物起到传播作用。因而，牛粪处理显得十分重要。
牛粪的用途很多，以前直接发酵后做农作物的基肥，可以变粪为宝，加工成有机肥，从而获取较高的效益。利用牛粪加工有机肥，首先要把牛粪晾晒或沥干，使其水分控制在85%以下，然后加入秸秆末，牛粪和秸秆末的比例为7:3，使原料（牛粪）、辅料（秸秆末）的碳比控制在23～28，含水量控制在52%～68%。最后再加入有机肥发酵腐熟剂。
羊粪与秸秆、锯末屑、蘑菇渣、干泥土粉等按适当比例混合。1吨物料(鲜料约2.5吨)加1公斤微生物有机肥菌种，按0.5公斤有微生物机肥菌种加5公斤米糠（或麸皮、玉米粉等替代物）稀释后再均匀撒入物料堆，混拌发酵。在做堆时请不要做的太小，太小会影响发酵，高度在1.5米左右，宽度2米，长度在2米以上的堆发酵效果比较好。发酵过程注意适当供氧与翻堆（温度升至75℃或以上时要翻倒几次），升温控制在65℃左右，温度太高对养分有影响。发酵物料的水分应控制在60～65%。调整物料水分方法：水分过高可添加秸秆、锯末屑、蘑菇渣、干泥土粉等。水分合适与否判断办法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地即散。整个发酵过程5～7天完成。成品有机肥为蓬松状、呈黑褐色，略带酒香味或泥土味，营养丰富，用于瓜果蔬菜、经济作物、苗木花卉营养土，价值增值数倍。